Pada awalnya Desa Mokel terbentuk dari beberapa anak kampung tua, seperti kampung Songi yang dikepalai oleh Bapak Leo Kelang (almarhum), kampung Deru yang dikepalai oleh bapak Dominikus Pajang (almarhum). Selanjutnya dua kampung tersebut bergabung membentuk sebuah desa Gaya baru dengan nama Desa Mokel . Pada waktu itu yang menjadi kepala desa Gaya Baru pertama adalah Bapak Nabor Nggo.

Pada masa pemerintahan desa Gaya Baru terjadi  Perubahan yang signifikan terutama pada pola hidup masyarakat. Selanjutnya kepemimpinan berikutnya dikepalai olehBapak Yohanes Pawo selama satu periode kurang lebih lima tahun.kemudian di ganti oleh  Bapak Raymundus Rato dengan perubahan massa jabatan kepala Desa yaitu selama enam tahun untuk satu periode . Beliau memimpin desa ini selama 2  periode (16 tahun) dan berakhir tahun 2007. Pada masa pemerintahan beliau terjadi  status yakni dari desa gaya baru menjadi pemerintahan desa. Pada tahun 2007, desa Mokel dipimpin oleh Bapak Sefrinus Rahmat dari tahun 2007 – 2013. Pada tahun 2011 terjadi pemekaran desa Mokel Morit dari induk desa Mokel. Selanjutnya pada tanggal 4 Oktober 2013 desa Mokel dipimpin oleh Bapak Vincentius Ran Riwu sampai 20 agustus 2019. Dan kemudian terpilih kembali untuk kedua kalinya sejak 20 desember 2019 sampai dengan 20  Mei 2023 dengan alasan mengundurkan diri lalu jabatan kepala desa mokel di isi oleh Penjabat yaitu bapak Paulus Paru hingga Bulan desember 2023 mengadakan pemilihan kepala desa antara waktu dan di menangkan oleh bapak Fransiskus kelang sampai sekarang.